Instansi Pemerintah dapat mengajukan Pencabutan Pengukuhan Pengusaha Kena Pajak terhadap Instansi Pemerintah yang tidak lagi memenuhi kriteria sebagai PKP Instansi Pemerintah. Permohonan pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah disampaikan kepada: KPP atau KP2KP.
Permohonan disampaikan secara elektronik atau tertulis (secara langsung; melalui pos atau perusahaan jasa ekspedisi atau jasa kurir dengan bukti pengiriman surat), serta dilampiri dengan dokumen yang menyatakan bahwa Instansi Pemerintah sudah tidak memenuhi persyaratan sebagai pemotong dan/atau pemungut pajak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan.
Pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah berdasarkan permohonan PKP Instansi Pemerintah dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan. Kepala KPP menerbitkan keputusan atas permohonan tersebut dalam jangka waktu 6 (enam) bulan sejak tanggal permohonan PKP Instansi Pemerintah diterima secara lengkap. Apabila jangka waktu telah terlampaui dan Kepala KPP tidak menerbitkan keputusan, permohonan PKP Instansi Pemerintah dianggap dikabulkan dan Kepala KPP menerbitkan surat keputusan pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah dalam jangka waktu paling lama 1 (satu) bulan setelah jangka waktu berakhir.
Pencabutan pengukuhan PKP Instansi Pemerintah secara jabatan dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan atau hasil penelitian administrasi dan dilakukan melalui penerbitan keputusan pencabutan pengukuhan PKP.